Втор циклус Архитектонски факултет Градежен факултет Економски факултет Машински факултет Медицински факултет Педагошки факултет „Св. Климент Охридски“ Правен факултет „Јустинијан Први“ УКИМ Природно-математички факултет Стоматолошки факултет УКИМ Технолошко-металуршки факултет Факултет за ветеринарна медицина Факултет за дизајн и технологии на мебел и ентериер Факултет за драмски уметности Факултет за електротехника и информациски технологии Факултет за земјоделски науки и храна Факултет за информатички науки и компјутерско инженерство Факултет за ликовни уметности Факултет за музичка уметност Факултет за физичко образование, спорт и здравје Факултет за шумарски науки, пејзажна архитектура и екоинженеринг „Ханс Ем“ Фармацевтски факултет Филозофски факултет Филолошки факултет „Блаже Конески“ Православен богословски факултет „Св. Климент Охридски“ – Скопје Институти Економски институт Земјоделски институт Институт за земјотресно инженерство и инженерска сеизмологија Институт засоциолошки и политичко-правни истражувања Институт за сточарство Придружни членки – Јавни научни установии Институт за македонска литература Институт за македонски јазик „Крсте Мисирков“ Институт за национална историја Институт за фолклор „Марко Цепенков“